genomika

Országok listájaHungarySemmelweis EgyetemÁltalános Orvostudományi KarÁltalános orvosGenomikagenomika

Multifaktoriális betegségek vizsgálati módszerei

Milyen módszereket lehet használni a multifaktoriális betegségek genomikai hátterének tisztázására?
Teljes genomszqrés (kapcsoltsági analízis)
Teljes genom asszociációs vizsgálatok (SNP)
Asszociációs vizsgálatok
Jelölt gén asszociációs vizsgálatok
Jelölt régió asszociációs vizsgálatok
Microarray génexpressziós vizsgálatok
Állatkísérletek, állatmodellek
Mi az a Hardy Weinberg eloszlás?
a genotípusok eloszlása egy random populációban: p2 + 2pq + q2 ahol p és q a genotípust meghatározó két allél gyakorisága
Mi lehet az oka a Hardy Weinberg egyensúlytól való eltérésnek?
a mintavétel nem véletlenszerq. pl.: sok rokon van a mintában
a vizsgált allél valamilyen szerepet játszik a vizsgált populáció fenotípusában. Pl.: CFTR gén DF508-es allélt vizsgálva CF-esekben a homozigóták túlsúlya mutatható ki.
Beltenyészet (inbred) populáció: homozigóták aránya megnQ.
Mi az a haplotípus?
Ha több allél általában együtt öröklQdik (azaz közöttük csak nagyon ritkán van crossing over) akkor azt mondjuk, hogy ezek az allélek egy haplotípuson vannak.
Mi az a linkage disequlibrium?
Két lókusz egymás közelében van a kromoszómán és nem egymástól függetlenül öröklQdnek, azaz nem teljesül a HWE.
Mi az a rekombinációs hányad?
a megfigyelt esetek hányad részében volt rekombináció. Jele: (
Mekkora lehet a rekombinációs hányad maximális értéke?
maximális értéke 0,5: ha pl. a két lókusz másik kromoszómán van.
Mi a 0 hipotézis kapcsoltsági analízisnél?
a két lókusz között nincs kapcsoltság: ( = 0,5.
Mi az a LOD érték?
logarithm of odds, annak az esélynek a 10-es alapú logaritmusa, hogy két lókusz genetikailag kapcsolt, összehasonlítva annak az esélyével, hogy nem kapcsolt.
Mi a kükönbség a parametrikus és a nemparametrikus LOD score analízis között?
Parametrikus LOD score: monogénes (mendeli öröklQdésq) betegségek
Paraméterek: öröklQdés típusa (pl. recesszív), betegség penetranciája
Nemparametrikus: multifaktoriális betegségek
Melyik a legelterjedtebb módszer a nemparametrikus LOD score vizsgálatnál?
testvérpár vizsgálat: affected sib pair analysis (ASP)
Mit jelent a founder populáció és mi az elQnye kapcsoltsági vizsgálatoknál?
kisszámú Qsre visszavezethetQ beltenyészet populáció
Mit jelenthet a jelölt gén polimorfizmusának vizsgálatakor az asszociáció?
az adott allél szignifikánsan gyakrabban fordul elQ együtt az adott fenotípussal, mint az várható.
Mik lehetnek a pozitív asszociáció okai SNP vizsgálatoknál?
Direkt hatás: a vizsgált allél okozza a betegséget
Természetes szelekció. Az illetQ allél megnöveli a túlélés esélyét a tanulmányozott betegséggel szemben
Populációs rétegzQdés (population stratification): egyes népcsoportokban bizonyos allélok gyakrabban fordulnak elQ. Pl. evQpálcika gén (HLA-A1 gyakoribb a kínaiakban)
Mi az a population admixture?
Olyan populációkat vizsgálunk együtt, akik különbözQ genetikai háttérrel rendelkeznek (Pl.: afrikai, fehér: magas vérnyomás): az egyes populációkra a betegséget okozó specifikus genetikai variációk elveszhetnek (felhigúlnak).
Milyen módszert lehet használni, hogy asszociációs vizsgálatoknál a kontroll csoport összetétele ne befolyásolja nagyon az asszociációs vizsgálat eredményét?
BelsQ kontroll módszer, pl. :
Transmission disequilibrium test (TDT): 50%-kal több munka: beteg+ szülQk kellenek hozzá: azokat a szülQket választja ki, akik heterozigóták a betegséggel asszociáló M1 markerre, és azt vizsgálja, hogy hány szülQ adja át az M1 allélt a beteg gyerekébe vs. hány nem.
Vagy discordant sib pair analízis: olyan testvérpárok vizsgálata melyek közül az egyik beteg, a másik nem.
Kockázatszámolásnál milyen értékeket használhatunk?
OR= odds ratio. Használat: retrospective vizsgálatok.
RR= relative risk: használat: prospective vizsgálatok.
OR jelentése: az esély, hogy az illetQ allél (vagy lókusz) asszociál a betegséggel a betegekben osztva az eséllyel a kontroll csoportban.
RR jelentése: az asszociáció valószínqsége a betegcsoportban osztva az asszociáció valószínqségével a kontrollcsoportban.
Multifaktoriális betegségek vizsgálatakor hol használhatják az SNP-ket?
FQleg jelölt gén asszociációs vizsgálatok.
Milyen markereket használnak a kapcsoltsági vizsgálatoknál?
short tandem repeat (STR) polymorphisms
Mit jellemez egy marker esetén a heterozigótaság mértéke?
df. •
–
·
0
1


B D l ª¬êʀ‚„ò9:eŠŒ”•¨¹»G hj,n
ôëôÛÍôÛÍôÛÍôÛ¿ôÛ¿Û¿®¿Û¿ô۞͍ÍôÛzÍ¿ÛÍ¿Û¿jÛh¶:áhdHÂCJ\mHnHu$hdHÂhdHÂ5>*CJ\mHnHu! jqhdHÂhdHÂCJmHnHuhdHÂhdHÂ>*CJmHnHu! jqh¶:áhdHÂCJmHnHuh¶:áhdHÂCJmHnHuhdHÂhdHÂCJmHnHuh¶:áhdHÂ5CJmHnHuhdHÂmHnHuhdHÂCJmHnHu)df. „ Ü
+
Q
w
–
1
p
|

Î
D ¬Ê„:•G•úõúíàààààààØíàËàØØíØØØí

„Ä„<^„Ä`„ &
Fgd¶:á

„h„\^„h`„\gd¶:á
&
FgddHÂgddHÂgddHÂîMþ•„ jntÐH®~ÌÎ
-F-Z!0"˜"#r#†$|%b&*'x3ô4öééáááÙéÐÐáÙöÐÐÙééÐÐáááá„Ä^„Ägd¶:á
&
FgddHÂ
&
Fgd¶:á

„h„\^„h`„\gd¶:á„Ä`„Ägd¶:á
rt
ÎÐHÊÌÌÎvx-
-F-”-d!œ!."0"˜"´"#&#z%|%

&`&b&Ú&('*'œ'ž'2º2j3l3v3x3Ð3Ò3ò4ô4L5ñæÖñæÖÈæÖÈæÖæÖæȸȸÈæָȸÈæÖ¸æÖªñ֚˜ˆªwªæ֚ªæÖ! j³h¶:áh¶:áCJmHnHuh¶:áh¶:á>*CJmHnHuUh¶:áh¶:á5CJmHnHuh¶:áh¶:áCJmHnHuhdHÂhdHÂ>*CJmHnHuhdHÂhdHÂCJmHnHuh¶:áhdHÂ5CJmHnHuhdHÂCJmHnHuh¶:áhdHÂCJmHnHu.Annak a valószínqsége, hogy egy marker egy véletlenszerqen kiválasztott emberben heterozigóta; 0 ha nem variábilis, 1 ha nagyon variábilis. Informatív a marker ha a heterozigótaság ( 0,7.
Mi az a jelölt régió asszociációs vizsgálat?
Jelölt régió: kapcsoltsági analízis után a maximális LOD-ot tartalmazó két marker között sqrqbb markerekkel (pl. SNP-k) asszociációs vizsgálat.
Mi az a teljes genom asszociációs vizsgálat?
Több mint 5 millió SNP van, melynek a gyakorisága >10%, 11 millió melynek >1%,
Jelenleg kb. 9 milliót ismerünk. A genom teljes hosszában SNP-ket vizsgálunk (pl. beteg vs. egészséges).
ElQnyös ha ismerjük a populáció specifikus LD (haplotípus) blokkokat, így haplotípusonkét csak 2 SNP is elég lehet.
Jelenleg folyamatban van a HapMap project
A 22-es kromoszómán átlagos LD blokk mérete kaukázusiakban: 25,8 kb. Ha ezt átlagosnak vesszük és 2 SNP-t/blokk használunk, akkor 200.000 szükséges a teljes genom lefedésére
Mi lehet az elQnye a microarray génexpressziós méréseknek?
a pathomechanizmus teljes ismerete nem elQfeltétel (de nem árt ismerni), olyan géneket is meg lehet találni, amelyek szerepe nem nyilvánvaló. Új metabolikus útvonalakat lehet felfedezni, betegség alcsoportokat el lehet különíteni, kezelés hatását nyomon lehet követni.
Milyen elQnyei lehetnek betegségek tanulmányozásánál állatmodellek alkalmazásának?
Szabadon keresztezhetQek: öröklQdés (QTL) vizsgálata, meiosis
Az egér genom csak 300 génben különbözik az emberétQl
Lehet velük kísérletezni, kezelést kipróbálni
Szövettani minták könnyebb hozzáférhetQsége: könnyebb, pontosabb diagnózis, génexpressziós vizsgálat minden szövetbQl
Egérspecifikus ellenanyagok, reagensek
Genetikailag módosított állatok

Milyen hátrányai vannak humán betegségek tanulmányozása esetén az állatmodelleknek?
A betegségek lefutása, tünetei eltérhetnek az emberétQl
Különbségek a genomban (humán vs. állat)

Milyen típusú genetikailag módosított állatmodelleket ismer?
KO állatok (egerek):
Transzgenikus állatok:
RNSi-vel in vivo génmódosított állatok
Mire lehet használni KO állatokat?
génkiütéssel elQ lehet állítani olyan fenotípusokat (betegségeket), amelyek egyébként az adott állatra nem jellemzQek: pl.: apoE, LDLR KO egerek megfelelQ diétával a humán atherosclerosist mintázzák; leptin KO: obez egér, leptin receptor KO: NIDDM, T-bet KO: krónikus asztma
Egyes gének szerepét, mqködését tanulmányozni lehet
Mi az a kongenikus egér?
Congenic strain , vagy kongenikus törzs: olyan (pl. egér)törzs amely a fenotípusra nem hajlamos törzstQl csak a hajlamosító régióban különbözik. Mindig a QT-t hordozót kell visszakeresztezni a QT-t nemhordozó szülQi egértörzzsel.
Mi az a QTL analízis, hogyan végezhetQ el?
F2 generációban LOD score analízissel megállapítani a QTL-t.
Majd kongenikus állat létrehozása (mindig a QT-t hordozó állatot kell visszakeresztezni.
A QTL-t további markerek segítségével finomítani. ElérhetQ felbontás kb. 1 cM.
Pozicionális jelölt gének keresése.
Humán ortológ keresése.
Asszociációs vizsgálatok.
Mit csinál a Mouse Phenome Project?
Jackson Laboratory: legnagyobb laboratórium, ahol egereket állítanak elQ állatkísérletekhez
Hímek mutagenezise N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-val (1000x-sére növeli a spermatogenezisben a mutációs rátát).
Keresztezés nem mutáns lánnyal: G1 generáció: kb. 150 mutáció
G1+G0 lány= G2, G2 lány+G1 apa = G3
Fenotipizálják a G3-t: 6 hetes koruktól egy 9 hetes protokollban vesznek részt (obezitás, vérnyomás, lipidanyagcsere, diéta hatása a lipidanyagcserére, tüdQ- és szívfunkció, vérvizsgálat, alvászavarok, glükózmetaboilzmus stb.).

Hasonló témájú dokumentumok

Egyelőre még egyetlen hasonló témájú file sincs feltöltve a rendszerbe

A mások által feltöltött dokumentumokat értékelheted. Ha úgy ítéled meg, hogy a vizsgára való felkészülés szempontjából hasznos volt egy dokumentum, akkor adj rá sokcsillagos értékelést.
Ha hibákat tartalmaz, vagy egyéb probléma van vele, akkor keveset.
A dokumentumok sorrendje az értékelések alapján adódik. Ami fentebb van a listában, azt hasznosabbnak ítélték társaid. Az új dokumentumok pedig (értékelések hiányában) szintén a lista tetején kezdenek.

Hozzászólások

Ha észrevételed van egy dokumentummal kapcsolatban (például hibát találtál benne), akkor a Hozzászólások részben jelezheted. Az olyan jellegű kérdéseket mint pl.: A 2. feladat 4. sorából milyen átalakítással jutottunk az 5. sorban szereplő képlethez? - szintén ide érdemes írni

Egy tipp az oldalhoz! - Üzenj az összes olyan hallgatónak aki felvett egy bizonyos tantárgyat! Hasznos lehet ha egy tárggyal kapcsolatban olyan kérdéseid merülnek fel mint pl

• Hol lesz a vizsgamegtekintés?
• Meddig kell tudni az anyagot?
• Mely részeket adták le előadáson a könyből?
• stb...

Az üzeneted így ahhoz a célcsoporthoz jut el, akik együtt hallgatják veled a tárgyat. Ehhez kattints az Üzenetekre, ezután válaszd ki a tantárgyat a saját tárgyaid közül, majd kattints az Üzenet írására.

11.12-2 14 adóellenőrzés alternatív energiaforrások anatómia ásványok beszámoló cad rajz csavar dendrológia dia elosztás építészettörténet feladatsor finnek fizkém függvény genetika görögország humánbiosz gyak idegenforgalom innováció java jogelmélet jogi kant kidolgozott anyag koncentráció korreláció középérték középkor közjog lowie magyarország geográfiája mazzag éva mechanika 2 metafora munkássága német felvilágosodás opkut rendszerek rushdie standardizálás szili szocioógia szte szte-btk dr. simon józsef tételek word zsidó kultúra